Çorum'un Osmancık ilçesine bağlı, bugün kendi adını taşıyan köyde doğmuştur. Genç yaşta ilim merakı ile Trablus, Tunus ve Cezayir'e kadar gitmiştir. Daha sonra İstanbul'a dönmüş ve akrabalarından Hacı Sefer Ağa vasıtası ile saraya girmiştir. Burada önce baltacı olmuştur. Güzel sesli olduğundan musikiye heveslenmiş ve müezzin olup "Mehmed Halife" namını, temiz yüzlü ve akça-pakça bir insan olduğu için de "Pakçemüezzin" lakabını kazanmıştır. Ardından kâtipliğe heveslenen Baltacı Mehmed Paşa, yazıcılığa ve 1703 Aralık ayında mirahurluğa tayin edilmiştir. Kasım 1704'te kaptan-ı derya olarak göreve baslamış ve sadrazam olana kadar 1 ay kadar bu görevi yapmıştır.
21 Aralık 1704'te de birinci kez sadrazam olmuştur. 3 Mayıs 1706'ta azledilip Sakız Adası'na sürülmüştür.
Daha sonra Erzurum valiliğine ve Sakız muhafızlığına getirilmiştir. 1709 yılının Ocak ayında Halep valiliğine atanmıştır.
Baltacı Mehmed Paşa, 18 Ağustos 1710'da tekrar sadrazam olmuş ve Serdar-ı Ekrem sıfatıyla 1710-1711 Osmanlı-Rus Savaşı seferine çıkmıştır.
Prut Savaşı sırasında, Deli Petro'nun ordusunun etrafını sarmışken, isyan belirtileri gösteren Yeniçerilere güvenmemesi nedeniyle barışı kabul etmiştir. 22 Temmuz 1711'de taraflar arasında Prut Antlaşması yapılmıştır. Antlaşmanın imzalanmasından III. Ahmet de memnun olmuştu. Ancak ordusunu muhasaradan kurtaran Çar I. Petro'nun, vaatlerini yerine getirmemesi, sadrazama karşı İstanbul'da bir muhalefet grubunun oluşmasına yol açtı.
Baltacı ile Katerina arasında ne tür bir ilişki kurulduğuna dair zaman içinde geniş kapsamlı söylentiler, tartışmalar ve literatür oluşmuştur.
Prut seferinden dönüşünde 20 Kasım 1711'de sadrazamlıktan azledilerek yerine Gürcü Ağa Yusuf Paşa sadrazamlığa getirilmiştir.
Aralık 1711'de Midilli'ye, daha sonra Temmuz 1712'de Limni adasına sürülmüştür. Temmuz 1712'de Limni adasında vefat etmiştir. Ortaköy'de yaptırdığı bir cami bulunmaktadır.